本院骨科成立於71年10月，原隸屬外科部，84年6月在前楊大中院長支持下獨立為一級單位，並於92年2月奉行政院退輔會核定擴編為骨科部。本部主要業務為醫療、教學、研究及執行內政部指定之兵役體檢作業，同時為提升醫療品質，96年已朝次專科化分科，計有關節重建科、脊椎外科、骨折創傷科、骨病科四科， 102年11月1日組織再造成立次專科運動醫學科，於103年2月6日研究部招募契約副研究員蘇國誌博士，並成立骨科生物力學研究室，以加強相關之研究及新式骨材之開發，另外積極發展手外科及足踝外科，並於107年11月成立次專科手足踝外科，目前規劃未來之發展方向包括小兒骨科等。

  本部成立時即由李土生主任領導，至98年7月榮退，並於98年8月由原埔里榮民醫院副院長黃揆洲接任部主任。黃主任於105年7月退休後，由原脊椎外科李政鴻接任部主任，110年4月13日骨科部李政鴻主任奉國軍退除役官兵輔導委員會核定陞任本院副院長兼部主任，110年11月19日由骨病科陳昆輝科主任陞任部主任迄今。本部目前之發展方向除了重視整體醫療服務質與量之成長外，亦著重各次專科之均衡發展，住院醫師及新進主治醫師之專業技能訓練，每位主治醫師皆有二個次專科之專長，每週門診二至三次，對各種疾病患者提供更深入之創新醫療及加強各領域之教學與研究，並積極爭取與各醫療機構、學術單位及學會之合作交流機會，以真正落實本院以醫療服務、教學及研究為主軸之三大任務。