本院骨科成立於1982年10月，原隸屬外科部，1995年6月在前楊大中院長支持下獨立為一級單位，並於2003年2月奉行政院退輔會核定擴編為骨科部。本部主要業務為醫療、教學、研究及執行內政部指定之兵役體檢作業，同時為提升醫療品質，2007年已朝次專科化分科，計有關節重建科、脊椎外科、骨折創傷科、骨病科四科， 2013年11月1日組織再造成立次專科運動醫學科，於2014年2月6日研究部招募契約副研究員蘇國誌博士，並成立骨科生物力學研究室，以加強相關之研究及新式骨材之開發，另外積極發展手外科及足踝外科，並於2018年11月成立次專科手足踝外科，目前規劃未來之發展方向包括小兒骨科等。

       本部成立時即由李土生主任領導，至2009年7月榮退，並於2009年8月由原埔里榮民醫院副院長黃揆洲接任部主任。黃主任於2016年7月退休後，由原脊椎外科李政鴻接任部主任，2021年4月13日骨科部李政鴻主任奉國軍退除役官兵輔導委員會核定陞任本院副院長兼部主任，2021年11月19日由骨病科陳昆輝科主任陞任部主任迄今。

        本部目前之發展方向除了重視整體醫療服務的質與量之外，亦著重各次專科之均衡發展、住院醫師及年輕主治醫師之專業技能訓練與傳承，每一位主治醫師皆有二個次專科之專長，且每一專業領域皆規劃有至少二位專科醫師投入，對各種疾病患者提供更深入之醫療、創新技術及加強各領域之教學與研究，並積極爭取與各醫療機構及學會之合作交流機會，以真正落實本院以醫療服務、教學及研究為主軸。本部配合醫院政策，以智慧、尖端、精準、再生為研發之主軸，除積極爭取尖端醫療系統之引進應用，並與再生中心合作投入細胞治療之開發及基因與精準醫療之相關研究。此外，同時也積極投入先進AI 技術之領域，並開發不同次專科領域之人工智慧醫材研究，履行國家賦予之臨床、教學、研究重任及善盡醫學中心健康守護者的責任。