每一種感染病原體都有其特殊的基因組成，本中心透過總體基因體次世代定序技術 (Metagenomic Next Generation Sequencing, mNGS) 進行病原體基因組成的解碼，將定序基因和資料庫中參考序列比對，找出和序列一致的參考序列，一次檢測即可鑑定出檢體樣本內多種病原體。
| 樣本採集 從感染病患採集，收取檢體類型包含血液、肺泡灌洗液、組織等。 | |
| 樣本處理 透過經驗證的萃取方式提取檢體內的DNA/RNA，並針對檢體類型進行優化，製備可用於定序的樣本庫。檢測流程透過品質管控系統嚴格監控實驗品質。 | |
| 基因定序 以 Shotgun 次世代定序技術，檢測檢體內所有基因組成並取得序列數據。透過大量同步進行的短序列片段定序，達成短時間高通量的基因解碼。 | |
| 比對分析 藉由獨有病原資料庫 (含上萬跨物種之病原序列資料) ，對定序完之序列數據進行比對分析。 過程消除了定序常見的偏差來源，確保分析結果不受背景雜訊誤判，提高分析之特異性。 | |
| 校閱報告 比對分析後的病原檢出結果將再由醫檢師及感染科醫師校閱整理，最終發出檢驗報告給病患主治醫師。 |