『兒童心臟科』創先發現兒童腸病毒71重症感染的致死原因為兒茶酚胺引發的急性心衰竭，並據此理論獨步全球以葉克膜救治腸病毒71重症病童，有效降低兒童腸病毒重症神經學後遺症與死亡率，因此於2013年榮獲代表全國第一的SNQ認證國家品質標章銅牌獎，也是代表本院第一次獲此殊榮。
除此之外，兒童心臟科經心導管治療先天性心臟病技術領先全國且成效卓著，2015年再次榮獲代表臺灣第一的國家品質標章SNQ認證銅牌獎。本院兒童心臟科和其他醫院最大的不同點包括(1)兒童心臟科醫師人力充足、臨床經驗豐富、資歷完整，且八成以上兒童心臟科主治醫師資歷超過十年，(2)教學熱忱，80%兒童心臟科醫師具部定副教授以上教職，訓練醫師遍佈全臺灣，(3)持續研究發展，陸續發表具參考價值的醫學論文，並獲本院及醫學會獎勵，學術地位廣受肯定。
由於本院兒童心臟科治療先天性心臟病技術領先全國且成效卓著，兒童心臟科主治醫師具號召力，因此兒童心臟科的訓練醫師及服務的病患遍佈全國，為臺灣重要的兒童心臟科標竿醫院。
然受少子化的衝擊，未來的兒童心臟科發展計劃包括(1)醫療科學化，進一步提昇醫療品質，投資更多更好的心臟照護工具；(2)服務國際化，持續推動國際醫療，增加參與國際學術會議及加強國際宣傳，以提高本院兒童心臟科的知名度；(3)照護生活化，發展全天候及跨年齡的心臟照護。