冷凍胚胎是將胚胎以冷凍保護劑處理後，以玻璃化超高速冷凍方式將胚胎保存，保存期限依人工生殖法規定最多保存10年，逾期需依法銷毀。
- 適用時機：
- 1. 受精卵冷凍: 一次可能取得多顆卵子，所得受精卵數較多，在受精卵未分裂前即作部分冷凍保存。再將未冷凍之受精卵繼續培養成為胚胎，植入當天在挑選優良之胚胎作植入。
- 2. 胚胎冷凍(D2，D3): 植入所需的胚胎後，將剩餘優良之胚胎冷凍。
- 3. 囊胚冷凍: 植入所需的胚胎後，剩餘的胚胎繼續培養成為囊胚，作囊胚冷凍。
- 4. 母體因子宮環境不適合懷孕 (例如: 卵巢過度刺激或子宮內膜不佳…等) ，先將胚胎冷凍保存，待適當的時機再做解凍植入。
- 優良的胚胎：在冷凍前胚胎若無碎片(fragment) 存在，並且細胞透明而對稱，表示胚胎的品質良好，解凍後的懷孕率較高。而若冷凍時，胚胎正處於細胞分裂的間隔期 (interphase) 之偶數細胞期 (2、 4 或8個細胞)，此時胚胎較為穩定，比較不容易受到冷凍傷害。相反的，假如胚胎處於正在分裂當中的奇數細胞期(3、 5或7個細胞)，因細胞內有紡錘體的產生，而且染色體正在複製中，不耐環境溫度的劇烈變化，胚胎的傷亡率較高。
受精卵(取卵後隔天)
D2 胚胎(取卵後第2天)
D3 胚胎(取卵後第3天) 
囊胚(取卵後第5,6天)
- 胚胎經解凍後並不一定保證存活。優良的胚胎進行冷凍保存，其解凍後才會有較高的存活率，及較低的傷害率。一般胚胎解凍存活率平均約百分之九十以上，少數個案的胚胎解凍存活率較低。
- 冷凍胚胎植入後的成功率與母親年齡、植入胚胎數、解凍後品質有關，平均懷孕率為百分之十五至百分之二十五。
- 費用計算—(自費)
胚胎冷凍處理費 4900元/2管----於植入當天或驗孕日收費 + 冷凍儲存費用----依儲存期限的選擇而定，於驗孕日前或當日收費並填寫各式相關同意書。*儲存繳費期限由冷凍日開始計算(6管以內)。
- 冷凍儲存費用(1000元 / 月)
- 冷凍儲存費用(3000元 / 半年)
- 冷凍儲存費用(6000元 / 年)
- 若未於生殖醫學中心填寫儲存同意書並完成繳費，或儲存期限到期前未完成續存繳費，皆視同主動放棄冷凍胚胎儲存，實驗室不會另行通知。
- 冷凍胚胎為自費項目非病人同意儲存/續存，實驗室不可擅自儲存，期限到期(繳費期限內)立即依病患選擇之銷毀同意書/捐贈實驗同意書進行。