感染科位於門診後棟5樓，現由劉伯瑜主任帶領，除科主任外之人員計有主治醫師9名、總醫師1位、愛滋病個案管理師6位、愛滋病匿名篩檢醫檢師1位、專科護理師2位、實驗室醫檢師5位、契約高級助理研究員1位以及契約助理研究員1位。
特色業務包括：
一、門診業務:
- 一般臨床感染症(例如：肺炎、泌尿道感染、腹腔內感染、腦膜炎、心內膜炎、感染性腹瀉、軟組織感染、不明熱…)。
- 愛滋病診療:本科為衛生署核可之愛滋病指定機構，提供免費匿名篩檢及諮詢服務。愛滋病傳播能 力與患者之病毒量有關，疾病傳播通常藉由不安全性行為、靜脈毒癮、母子垂直傳染。愛滋病病 人免疫力會降低，得到伺機性感染，本科醫師可提供雞尾酒療法，經治療後病毒量減少且免疫力恢復，使病人可過正常的生活。
二、住院診療: 診治疾病包涵一般感染症(例如：腦膜炎、感染性心內膜炎、肺炎、泌尿道感染、腹腔內感染…)、愛滋病併發症、結核病等等。
三、感管業務(主要目的在為病患營造安全的就醫環境):
- 抗生素管理：積極推動抗生素管理計畫，藉由抗生素會診及審核，減少不合理之藥物使用，以避免抗藥菌株快速產生。提升醫師使用抗生素之合理率，以期為所有病患營造一個安全的就醫環境。
- 感染預防與管制: 分析各單位之感染率(包括血流相關感染、呼吸器相關感染、導尿管相關感染等)重要議題。統計各分離菌株及其抗藥性，並加以趨勢分析，並分析可能原因，並提出應對解決方案，本科依據文獻証據，執行感染預防與管制計畫，包括人員教育、隔離防護措施、手部衛生、組合式照護、環境清潔等，以營造病人安全的就醫環境。
- 防疫工作：早期診斷法定傳染病，做好隔離防護措施，配合疾病管制署防疫系統密切追蹤病人， 以阻止疾病散播。並配合政府政策定期作相關宣導(如流行性感冒、登革熱、腸病毒…等常見季節 性疾病，或如痲疹、出血性大腸桿菌…等應注意旅遊相關疾病)。